Sistemi yeniden başlatmak için sistemi kapatıp, elektriği kesip, sonra tekrar vererek de yapabilirsiniz. Daha basit bir yol ise, sadece kapatmak yerine, shutdown komutunun sistemi yeniden başlatmasını sağlamaktır. Bunu -r seçeneğini kullanarak yapabiliriz. Örneğin; shutdown -r now yazmanız yeterlidir.

Pek çok Linux sistemi ctrl+alt+del tuşlarına aynı anda basılmasıyla yeniden başlatma işlemini yapabilmektedir. Bu shutdown -r now komutunu çalıştırmış olur. Bu ctrl+alt+del tuşları yapılandırılabilir. Çok kullanılıcılı bir sistemde bir miktar erteleme zamanı vermek uygun olacaktır. Başkalarının fiziksel olarak ulaşabilecekleri yerlerde bulunan sistemlerde bu tuşların işlevi kapatılabilir.