Bir diski bölümlere ayırmanın hem en iyi hem de en kolay bir yolu yoktur. Dah kötüsü bunu yapmanın genelleşmiş bir yolu da yoktur. Çünkü bölümleme kararınızı etkileyecek pek çok faktör vardır.

Geleneksel yöntem; küçük bir kök dosya sistemi yaratmak ve bunun içinde /bin, /etc, /dev, /lib, /tmp, gibi sistemin çalıştırılması ve yönetilmesi için ihtiyaç duyulan dosya sistemlerinin yerleştirilmiş olmasıdır. Bu yolla, kök dosya sistemi sistemin açılması ve çalışması için gerekli her şeyi ihtiva etmiş olur. Kök dosya sisteminin küçük tutulmasındaki ve daha az iş yüküne sahip olmasındaki ana sebep, sistem çökmeleri esnasında kök dosya sisteminde daha az hasar meydana gelmesini ve kolayca tamir edilebilmesini sağlamaktır. Daha sonra başka bölümler ya da başka diskler kullanarak dizin ağacına /usr dosya sistemini, kullanıcılar için ayrı bir /home dizini ve bağımsız bir takas bölümü oluşturabilirsiniz. Ev dizinlerini bağımsız bölümler içinde yerleştirmek yedekleme işleminde büyük kolaylıklar sağlar. Bir ağ ortamında /usr dizinini çeşitli makineler arasında paylaştırmak da mümkündür. Böylece her makinenin ihtiyaç duyduğu yüzlerce megabytelık alanlara olan ihtiyaç azaltılmış olur.

Pek çok disk bölümüne sahip olmak, boş disk yüzeyinin parçalar halinde ayrılmış olması problemini yanında getirir. Günümüzde, işletim sistemlerinin ve disklerin daha güvenli olması ile, kullanıcılar bütün dizinleri kapsayan tek bir dizine doğru yönelmektedir. Bununla birlikte küçük bir ikinci bölüm yedekleme işleminin daha kolay yapılmasını sağlayabilir.

Küçük bir sabit diske sahipseniz (çekirdek geliştirmesi yapmayacağınız varsayılarak) tek bir bölüme sahip olmanız daha uygun olacaktır. Büyük bir diske sahipseniz, herhangi bir şeyin ters gidebileceği ihtimalini göz önüne alarak, birkaç adet büyük disk bölümüne sahip olmanız daha mantıklı olacaktır. (Buradaki büyük ve küçük kelimeleri tamamen öznel kavramlardır. Disk bölümlerinin büyüklüğünü tamamen sizin kullanım amaç ve gereksinimlerinize göre ayarlamalısınız.)

Şayet birkaç tane sabit diske sahipseniz; birine /usr dizinini de içeren bir kök dizini, diğerinde ise /home dizini yarleştirebilirsiniz.

Çeşitli bölümleme tabloları için değişik deneyler yapmanız iyi olabilir. Bu biraz iş yükü getirmektedir. Çünkü her seferinde çeşitli kereler işletim sistemini yeniden kurmanız gerekecektir. Ama bu da yaptığınız işin doğruluğundan emin olmanın tek yoludur.